1989年由卫生部批准在原山东医科大学成立卫生部耳鼻咽喉科学重点实验室,1994年正式建成对外开放，1995年与澳大利亚悉尼大学合作成立了中国睡眠呼吸障碍研究中心，并创建了睡眠实验室，是国内较早成立的睡眠研究中心之一。2005年10月山东大学将该实验室与山东大学齐鲁医院耳鼻咽喉科整合，委托山东大学齐鲁医院管理实验室，2005年10月山东大学齐鲁医院耳鼻咽喉科获得山东省首批“泰山学者”建设工程岗位，山东大学齐鲁医院投入2000万元对实验室硬件设施和仪器设备进行了更新维护，2007年初引进了“泰山学者”，2007年7月该实验室顺利通过卫生部专家组评估。首任实验室主任是王廷础教授，目前由魏奉才教授担任主任。

山东大学齐鲁医院耳鼻咽喉科始建于1924年，在孙鸿泉教授的开创和领导下，经过王天铎教授、栾信庸教授等几代学者的不懈努力，现已形成具有自身特色的学术风格，是我国耳鼻咽喉科学的发源地和奠基地之一，长期以来，对我国耳鼻咽喉科学的发展做出了巨大贡献。自50年代起，该科就以内耳开窗术、颅脑手术、面神经减压、人工喉、全喉切除后食管发音、咽喉肿瘤手术治疗及喉功能重建享誉国内外，并举办头颈外科、耳神经外科全国性高级医师培训班22期，承担全国各地进修医师的培养任务。

自2002年起，在学科带头人潘新良教授的带领下，该学科不断创新，科学发展，积极推广应用新理论、新技术，充分发挥卫生部耳鼻咽喉科重点实验室和山东省“泰山学者”建设岗位学术平台作用，不断提升临床科研水平，添置、更新最新、最先进的研究设备，开展新的研究项目，引进新技术，加大优秀人才的培养与引进，在咽喉头颈肿瘤外科治疗方面始终保持国内领先、国际先进水平，其他亚专科达到国内先进水平。

该学科1978年获得耳鼻咽喉科学硕士学位授予权，1988年获得博士学位授予权，是我省最早的拥有博士学位授予权科室之一，2002年开始接受博士后研究生，拥有一批卓有成绩的名老专家，目前已形成一支以中青年技术骨干为主的人才梯队，各级临床医师中，教授13人，副教授9人，中级职称8人，住院医师7人，其中16人具有博士学位，博士生导师5人，硕士生导师7人。本专科人才年龄结构、知识结构、职称结构及学历结构合理，已形成良好的业务梯队，能够满足学科持续发展需要。2000—2010年招收博士、硕士研究生108人，接受来自全国各地的进修医师171人。

该学科是山东省首批“泰山学者”建设工程岗位，山东省医药卫生重点学科，山东省“十二五”重点学科，山东大学“985工程”三期建设临床医学重点学科，各种专业诊疗设备价值2000余万元，病房分为两个病区，设有110张床位，分为：咽喉头颈肿瘤、睡眠呼吸障碍、喉显微外科、鼻内镜微创手术、变应性疾病、耳外科、耳内科七个专业，其中耳鼻咽喉-头颈肿瘤为本学科优势专业，特别是保留喉功能的喉癌、下咽癌综合治疗在全国耳鼻喉科学界享有盛誉。每年门诊量6.1万余人次，每年住院患者2600余人，诊治患者来自全国各地。

该学科在头颈肿瘤治疗方面取得了一系列重要成果，尤其是保留喉功能的喉癌和下咽癌的手术治疗一直保持国内领先水平，部分达国际先进水平，不仅有效提高了喉癌、下咽癌的外科治疗效果，而且大大改善了患者术后的生存质量，最大程度保存了患者的呼吸、吞咽及发音功能，喉功能保留的肿瘤切除概念已被国内诸大医院所接受，是目前国内外喉功能保留率最高的治疗中心，在国际上也有相当大的影响。近年来，该学科在继续保持头颈肿瘤手术治疗传统优势的基础上，进一步对喉癌下咽癌手术方法、喉功能保留重建方法规范化、系统化，突破了许多的传统手术禁区，对头颈肿瘤累及颈动脉系统积极进行处理并在国内率先成功进行了颈总动脉的人工血管移植重建。该学科在晚期甲状腺癌、颈段食管癌、扁桃体癌、喉气管狭窄、咽食管狭窄、颅底肿瘤的治疗方面达到了国内领先水平，在省内最早开展了电子耳蜗植入术、鼻内镜手术、悬雍垂腭咽成形术等微创外科手术，在鼻颅底外科、鼻眼相关外科、睡眠呼吸功能障碍、突发性耳聋、神经性耳聋等方面的诊治能力也取得了突出的成绩，达国内先进水平。

该科承担了国家及省部级科研项目23项，包括国家自然科学基金项目、美国NIHFogarty国际合作研究基金、山东省自然科学基金、山东省科技攻关项目、山东省优秀中青年科学家奖励基金等，合计科研经费520余万元。先后获得国家科技进步奖3项，教育部科技进步奖2项，卫生部科技进步奖2项，省级奖23项，厅级奖5项，获国家专利2项。2000年至2010年，该科在国内外刊物发表论文300余篇，其中SCI收录20篇。出版学术专著8部。

历经多年的临床实践，该实验室已经形成了稳定的研究方向：

1.咽喉头颈肿瘤的临床与基础研究；

2.耳显微外科临床和听力学、听力康复的临床研究；

3.鼻窦疾病及鼻颅底外科的临床应用研究；

4.睡眠呼吸障碍性疾病研究；

5.变态反应性疾病研究。

为加强学术交流，积极推广该学科取得的研究成果，造福于广大患者，该学科每年举办全国性头颈肿瘤治疗学习班、全国性睡眠呼吸暂停综合征研讨会、全省性鼻窦镜外科应用学习班、全省性听力筛查学习班各一届，吸引了省内外专业学员500余人。该学科目前已与美国波士顿大学医学院、美国德克萨斯大学M.D.安德森癌症中心、新加坡国立大学医学院建立了良好的合作关系，除了派遣青年医师出国访问交流，还派出博士研究生到美国、新加坡进行联合培养，定期邀请外方专家到国内进行学术交流。由潘新良主任担任主编的《山东大学眼耳鼻喉学报》杂志是全国学术统计源期刊，是全国耳鼻喉科学界公认的高水平学术交流平台。本学科参与主编的《实用耳鼻喉科学》和《耳鼻喉科手术学》是国内最早期的权威临床专著。

2010年7月，该学科由于在各方面的突出表现获得山东省“质量好、服务好、群众满意”十大质量品牌荣誉称号。